La paroisse fut créée en 1334. Au XIVe siècle, la seigneurie de Saint-Clément était une dépendance de celle de Montmorillon ; la seigneurie des Bouchesnes (actuellement "Les Beauchênes") était plus importante.

En 1484, l’un des sires, Geoffroy de Balzac, premier valet de chambre du roi Charles VIII, obtint l’autorisation d’organiser une foire annuelle.

En 1754, le célèbre Mandrin, de passage à Saint-Clément, assassina le meurtrier Driffort. En 1793-1794, la commune fut débaptisée et prit le nom de "Montagne".

Jean-Jacques Rousseau séjourna dans la maison de plaisance de son ami Joseph d’Evry, et dut apprécier la qualité de l’environnement naturel, lui qui était un véritable écologiste avant l’heure.

Le démantèlement des communes en 1846 lui fit perdre plusieurs villages dont celui de La Chabanne qui devint autonome.

De nombreuses communautés agricoles peuplaient le territoire, vivant de l agriculture bien sûr, mais aussi du travail du bois (bûcherons, charbonniers, sabotiers) ; les 4 foires annuelles étaient réputées pour leur commerce ovin.

Au moment de la constitution de l’Europe des Douze en 1989, l’Institut Géographique National installa une borne marquant le centre de l’Europe sur la commune de Saint-Clément, qui acquit ainsi une renommée européenne.